4號線和5號線的車站為高架站，呈南北向，月臺位于地上5層，而站廳位于地上4層。高架車站與高鐵站房一體化設計，車站被包裹在站房立面之中，在廣場上即可看到由站房之中穿行的地鐵列車。車站設有兩個島式月臺，即兩對路軌間各設有月臺，分別供4號線和5號線使用。其中6號線的月臺為預留結構，目前被封住而不能進入，預計于2017年隨著6號線的通車而投入使用。

4號線和5號線的車站為高架站，呈南北向，月臺位于地上5層，而站廳位于地上4層。高架車站與高鐵站房一體化設計，車站被包裹在站房立面之中，在廣場上即可看到由站房之中穿行的地鐵列車。車站設有兩個島式月臺，即兩對路軌間各設有月臺，分別供4號線和5號線使用。其中6號線的月臺為預留結構，目前被封住而不能進入，預計于2017年隨著6號線的通車而投入使用。配套設施編輯巴士站巴士站位于東廣場，建筑面積3.4萬平方米，可停車74輛。一層和二層為巴士上客區，而三層為落客區。目前開通有巴士線路20余條，包括兩條跨市巴士線路，主要覆蓋地鐵不能到達的原關外地區。北站巴士線路樞紐一層M352：新百麗總站-深圳北站(原622路)M353：龍華汽車站總站-深圳北站(原614路)M354：觀瀾長途客運站-深圳北站(原658路)M365：深圳北站-深圳北站(逆時針循環線)B647：崗頭村總站-深圳北站B666：深圳北站-華電B667：深圳北站-華電B730：富士康西二門-深圳北站B742：深圳北站-金色半山深惠3B線：深圳北站-惠陽白石路口樞紐二層M299：深圳北站-深圳灣口岸M300：深圳北站-平湖汽車站M341：深圳北站-大王山總站M343：華佳工業園-深圳北站M344：深圳北站-華強北地鐵接駁站(原高峰5線)M347：月亮灣總站-深圳北站(原76路)M360：深圳北站-文錦渡客運站(原378路)E11：深圳北站-南澳總站E22：深圳北站-大工業區深莞2線：深圳北站-鳳崗汽車客運站樞紐三層巴士落客區(僅限二層線路)