藕池站位于廟前河西側，啟運路與麗園南路丁字路口東側，呈西北-東南走向，啟運路南側是藕池新村居民小區和獅丹努集團，西側為寧波外事學校地塊。車站為單柱雙跨的兩層島式車站，其中地下一層為站廳層，地下二層為站臺層。車站設自動售檢票機8臺，閘機18臺，客服中心1個。運營初期開放A、B兩個出入口。其中A出入口位于啟運路和麗園南路交叉處，啟運路北側，靠近麗園南路路口;B出入口位于啟運路上新四方對面，啟運路北側，靠近振古橋。