寧波火車站為2號線和4號線換乘車站，其中2號線為南北走向，車站站位垂直于國鐵站場布置，位于國鐵南北聯系通廊地下。4號線為東西走向，在北廣場地下，與2號線十字交叉，交叉處地下一層設換乘大廳，方便地鐵與國鐵換乘，交叉處地下二層設與2號線換乘通道，方便2、4號線之間換乘。歷史文化悠久的月湖位于其北側。車站為地下二層寬島式站臺車站，是全線唯一一個站廳與站臺共享中庭空間的車站。車站設自動售檢票機16臺，閘機27臺，客服中心2個。運營初期開放A、B、C三個地面出入口。A出入口位于車站東北角，結合站房設于北廣場;B出入口位于車站東南角，結合站房設于南廣場，靠近榮安世家小區;C出入口位于車站西南角，結合站房設于南廣場，靠近長途汽車南站、公交寧波火車站。在火車站到達層設置兩個換乘口，分別位于火車站到達層南、北兩端。