鄭州東站為地下二層車站，島式站臺結構。車站共有二十六個出入口，分布在鄭州東站高鐵站東、西廣場與站廳之間，其數量位于二十個車站之最，可以實現高鐵和地鐵的快速換乘。同時，站廳的垂直電梯與鄭州東站高鐵站相連。此外，鄭州東站不僅是1號線的重點有岔站，同時也是七個聯鎖集中站之一;車站共有10副道岔，兩條存車線;本站是唯一能夠在屏幕上看到全線各站的車站，行車控制權限僅次于控制中心。