余杭高鐵站處于杭州市余杭區，為地鐵1號線新增車站，位于原臨平南站與南苑站之間。車站共設四個出入口，一個緊急疏散口，兩組風亭(均為敞口低風亭，其中2號風亭與緊急疏散口結合設置)。根據余杭南站及周邊區域城市設計，車站主體上方為道路，附屬部分1號風亭待地塊實現規劃后可與商業建筑結合設置，3號出入口預留與商業周邊規劃商業建筑結合的接口。車站主體為地下二層島式車站，車站全長174.4米。