南京站是南京地鐵1號線和南京地鐵3號線的換乘車站，位于南京火車站站房地下。南京站1號線車站為地下二層島式站臺，車站設在地下一層，地下二層為站臺層，設有5個出入口，分別通向和燕路、南京站及龍蟠路。南京站3號線車站為地下四層平行雙島式站臺，未來將與南京地鐵9號線同臺換乘，深達近40米，相當于9層樓，是江蘇最深、中國第三深的車站。

文化藝術南京站1號線車站分南北兩個站廳，北站廳文化墻的主題為“金陵攬勝”，是一面具有金陵地標的青瓷花鋼板雕刻作品，其中可以看到總統府、中華門、中山陵等地標建筑錯落其中，展示了古城南京的山川美景與人文內涵。南京站3號線車站藝術墻的主題為“元春省親”，創作人金延林對畫面中的每一處細節都經過了嚴謹的考據。墻上賈府迎接元春的女眷掩映在青松翠竹下，有的滿臉期待、有的靦腆羞澀。這個場景在以往很多畫家的筆下都呈現成賈府上下闔府相迎，這顯然不對，因為《紅樓夢》把封建禮制體現得淋漓盡致，突出內外有別、男女有序。因此在“元春省親”的藝術墻上，所有官職的男子在府門外迎接，女眷則在宅內(二門以內)迎接。在藝術墻中間位置，則描繪了省親隊伍中的核心：八人大轎和里面的賈元春。專家查閱妃嬪出行儀式規格和轎輦規格后，在畫面中畫了符合貴妃身份的黃頂紅廂八人大轎。元春省親的盛大場面，契合南京站“回家”的主題。[1]