南京南站是南京地鐵1號線(運營)、南京地鐵3號線(運營)、南京地鐵S1號線(運營)和南京地鐵S3號線(在建)的換乘車站，有4座站臺，分為兩組，兩組站臺之間有換乘通道相連;1號線和3號線站臺為同臺換乘的雙島式站臺，位于高鐵站南京南站地下;S1號線和S3號線站臺為的一島兩側式站臺，位于高鐵站南京南站北廣場地下，共設12個出入口。南京南站地鐵1號線的站廳的“愛墻”墻面上雕刻了四千多條征集而來的“愛的箴言”并組成了六個圖案，分別是兩手相握，兩手相牽，兩手組成愛心狀，六塊凹凸不平的大理石上還有六個藝術字體，從左到右分別是：仁愛、博愛、兼愛。此外，整個站廳層共懸掛了22塊內容各異的圓形紫銅浮雕，內容包括“金陵十二景”等。車站結構編輯1號線和3號線車站為地下兩層雙島車站，總建筑面積52966m2，地下一層為站廳層，地下二層為站臺層，南京地鐵1號線和南京地鐵3號線在地下二層同臺換乘。

車站周邊南京汽車客運南站南京證大喜瑪拉雅中心