南京南站是南京地鐵1號線(運營)、南京地鐵3號線(運營)、南京地鐵S1號線(運營)和南京地鐵S3號線(在建)的換乘車站，有4座站臺，分為兩組，兩組站臺之間有換乘通道相連;1號線和3號線站臺為同臺換乘的雙島式站臺，位于高鐵站南京南站地下;S1號線和S3號線站臺為的一島兩側式站臺，位于高鐵站南京南站北廣場地下，共設12個出入口。南京南站地鐵1號線的站廳的“愛墻”墻面上雕刻了四千多條征集而來的“愛的箴言”并組成了六個圖案，分別是兩手相握，兩手相牽，兩手組成愛心狀，六塊凹凸不平的大理石上還有六個藝術字體，從左到右分別是：仁愛、博愛、兼愛。此外，整個站廳層共懸掛了22塊內容各異的圓形紫銅浮雕，內容包括“金陵十二景”等。開通歷史編輯南京南站1號線車站在南京地鐵1號線南延線運營初期并未開通，于2011年6月28日，京滬高鐵開通前兩天正式啟用。南京地鐵S1號線車站于2014年7月1日開通。南京地鐵3號線車站于2015年4月1日開通。

車站結構1號線和3號線車站為地下兩層雙島車站，總建筑面積52966m2，地下一層為站廳層，地下二層為站臺層，南京地鐵1號線和南京地鐵3號線在地下二層同臺換乘。

車站周邊南京汽車客運南站南京證大喜瑪拉雅中心

主題車站地鐵南京南站于2011年6月28日開通，該站站廳層有一面20多米長的“愛墻”，成為南京新符號。愛墻上，書寫著4000多人對于愛的感悟，這在國內還是首創。[1] “愛墻”設置在地鐵南京南站地下一層的站廳，長21.6米，高3米，離地0.6米，用10厘米厚的白色大理石制成。征集來的“愛的箴言”，依照原字跡逐一銘刻在大理石上，從遠處看，這些愛的字跡將構成六幅“愛的手勢”。這一愛墻將作為地鐵南京南站的標志性藝術品，永久性展示。4000多人在墻上留下了他們愛的語言，可以說每一句都打動人心。在這面愛墻上，除了字體各異的中文外，還有很多外國友人的手跡，甚至還有盲文、少數民族文和英文。南京南站一樓到達層的地鐵1號線南京南站出口的一幅大型標語，內容為“幸福南京，地鐵先行”。